As primeiras colônias de pescadores do Brasil foram fundadas a partir de 1919, implementadas pela Marinha de Guerra. Dois grandes fatores contribuíram para essa investida do Estado: primeiro, o país começou o século XX importando peixes, apesar de possuir um vasto litoral e uma diversidade de águas interiores; segundo e mais importante, após a Primeira Guerra Mundial (1914-1917) aumentou o interesse do Estado na defesa do extenso litoral brasileiro.

O termo colônia significa agrupamento, aglomerado. Foi isto que a Marinha fez, agrupou os pescadores em função de seus interesses. No ano de 1919 teve início a Missão do “Cruzador José Bonifácio”, grande embarcação da Marinha que tinha à frente o Comandante Frederico Villar, a quem foi designada a tarefa de organizar os pescadores do Brasil. A embarcação saiu do Rio de Janeiro com destino a Belém do Pará, por onde começaram a ser criadas as primeiras colônias.

O discurso instituído para fundar as colônias baseou-se na defesa nacional, pois ninguém melhor que os pescadores conhecem os “segredos” de rios e mares. Os conhecimentos, adquiridos e sistematizados durante décadas, eram de interesse da Marinha. Eles detêm um mapa mental sobre a geografia do lugar, conhecem rios, furos, canais, atalhos, lugares rasos e fundos que eram de interesse do Estado. O lema adotado pela Marinha para a fundação das colônias foi: “Pátria e Dever”.

O primeiro estatuto das colônias de pescadores data de 1º de janeiro de 1923, proveniente da Marinha. As colônias eram definidas como “agrupamento de pescadores ou agregados associativos”. Para poder pescar os pescadores eram obrigados a se matricular nas colônias.

Em 1920 foi criada a Confederação dos Pescadores do Brasil. Até então, as relações instituídas entre pescadores e Estado se caracterizavam pelo paternalismo e assistencialismo. No processo de “conquista” da confiança dos pescadores, o Estado prestou serviços gratuitos em embarcações, doou redes, ofereceu serviços de saúde, além de ter criado algumas escolas para os filhos dos pescadores, denominadas de Escoteiros do Mar, com finalidade de militarização e treinamento para os jovens.

Na década de 1930, com a instituição do Estado Novo na era Vargas, a organização dos pescadores passou por algumas mudanças. Através do Decreto nº 23.134/33, foi criada a Divisão de Caça e Pesca, cujo objetivo seria gerenciar a pesca no país. Os pescadores deixaram de estar subordinados ao Ministério da Marinha e passaram para controle do Ministério da Agricultura. Este elaborou o primeiro Código de Pesca, em janeiro de 1934, subordinando os pescadores à Divisão de Caça e Pesca.

Com o advento da Segunda Guerra Mundial (1939-1945), novas mudanças são introduzidas na organização dos pescadores artesanais. Através do Decreto-Lei nº 4.890 de outubro de 1942, foi transferida a subordinação dos pescadores do Ministério da Agricultura para o da Marinha.

Na década de 1960 o novo Código de Pesca foi instituído em pleno regime militar, através do Decreto nº 221 de 28 de fevereiro de 1967, estabelecendo normas para o exercício da atividade da pesca. A partir de então, a organização dos pescadores retornou para a tutela do Ministério da Agricultura, que instituiu um novo e único estatuto para todas as colônias de pescadores, através da Portaria nº 471 de 26 de dezembro de 1973.

No ano de 1985, a Confederação Nacional de Pescadores convocou as Federações Estaduais a realizar assembleias e eleger delegados para compor um grupo que foi denominado de “Movimento Constituinte da Pesca”, cuja finalidade foi apresentar propostas aos parlamentares, reivindicando benefícios aos pescadores. Após a promulgação da nova Constituição, em 5 outubro de 1988, as colônias foram equiparadas em seus direitos sociais aos sindicatos de trabalhadores rurais, pois o artigo 8º trata exclusivamente destas questões. As colônias, então, passaram a ter autonomia, sem a intervenção do Estado.